市直机关通常指的是由市级党委、市政府直接管理的部门和单位，它们包括但不限于行政机关、事业单位和企业单位。这些单位直接归属于市委市政府的领导，没有中间的管理环节，并且通常属于正处级或正科级的行政单位。
市直机关与市直属单位的区别在于，市直属单位既可以包含市级的行政单位，也可以包含市级的各种事业单位。例如，学校、医院等社会服务组织都属于市直属单位的范畴。
在公务员考试中，市州直机关（即市直机关）和县市区机关的主要区别在于级别，市州直机关是地市级，而县市区机关是区县级，因此县市区机关的级别相对较低。
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