菩提根的颜色非常丰富，根据不同的生长条件和时间，可以呈现不同的颜色：
新鲜果的颜色 ：乳白色。随着落果年限增加
开始出现黄色系。
风化时间更长时，出现咖啡色系。
特殊颜色：
阴皮绿色系，通常在2年左右出现。
盘玩后的变化
经过长时期的盘玩，菩提根会逐渐变色，可能变成黄褐色，表面出现碎纹理。
其他颜色
天然菩提根有7种颜色，包括白色、灰色、乳黄色等。
市面上也有染色后的红色、粉红、紫色菩提根出售。
色系分类
白玉菩提：
当年新果的颜色，透亮如白玉。
风化黄菩提：果实落地后长时间风化的结果，颜色由黄色逐渐变深。
阴皮菩提：果实落地后埋入土中，内部结构变化形成绿色，颜色深浅不一。
请注意，市面上的染色菩提根可能不具备自然盘玩后的色泽变化，购买时应注意辨别