自动化专业的毕业生在报考公务员时，可以选择以下职位：
技术岗位
自动化工程师
电气工程师
信息技术工程师
系统集成工程师
科研人员
电子政务
信息技术
机械设备监管
管理岗位
综合管理
行政管理
人力资源管理
特定部门岗位
公安局
自然资源规划局
铁道部门
国家税务总局
安全生产监督管理局
市场监督管理局
科学技术局
铁路公安局
出入境检验检疫局分支机构
其他选择
市级单位公务员
三不限岗位（不限专业、不限学历、不限户籍）
选择报考职位时，应考虑自己的专业背景、兴趣以及职业规划，同时关注公务员招考公告中发布的具体岗位要求和条件。