取消农垦总局的原因可以从以下几个方面理解：
时代背景变化：
随着时代的变迁，政府机构的设置需要适应新的社会发展需求。例如，国家实施的“乡村振兴战略”需要一个更宽泛的部门来全面统筹，农业农村部就是在此基础上组建的，它整合了多个部门的职责，提升了在农业投资管理方面的权限。
明确部门职责：
取消农垦总局有助于明确各部门的职责，提高行政效率。通过整合职能，可以避免职责交叉和重叠，使得政府工作更加高效。
资源整合：
国家重视土地资源整合和农村资源确权登记，取消农垦总局可以促进这些资源的更有效管理和利用。
农垦体制改革：
以黑龙江省农垦总局为例，其行政管理职能已移交给北大荒集团，这表明农垦系统正在进行体制改革，从行政管理向企业管理转变。
新疆生产建设兵团的特殊案例：
新疆生产建设兵团的取消与当时特殊的社会环境有关，内部出现了管理和思想混乱的问题，最终中央决定撤销兵团体制。
综上所述，取消农垦总局是为了适应新的时代需求，提高行政效率，促进资源整合，并推动农垦系统的体制改革。这些变化反映了国家对农村和农业发展的重视，以及推动农业现代化、乡村振兴的战略目标