商调公务员的档案流程通常包括以下几个步骤：
准备商调函：
公务员录取单位所在的组织部门会发出商调函，用以与原单位商量调人事宜。
原单位同意：
原单位需要复函同意调出档案，之后用人单位组织部门才能发出正式的调档函。
档案审核：
在商调函的有效期内，档案管理部门会对档案进行审核，确认无误后，进行档案的转递手续。
档案转递：
档案通过机要或专人送达的方式，从原档案保管单位调至新单位。
档案接收：
新单位收到档案后，会进行档案的接收手续，并可能要求办理工作调动介绍信、组织关系转移介绍信等。
档案调入：
档案调入新单位后，用人单位组织部门会发出正式调动通知。
在整个过程中，与原单位的沟通非常重要，务必协商好，避免因原单位不同意商调而造成麻烦。此外，档案调动过程中如果发现任何问题，也可能影响调动的进程。