系统集成资质的申请流程通常遵循以下步骤：
准备材料
填写《计算机信息系统集成资质申报表》。
准备认证机构出具的《计算机信息系统集成资质认证报告》。
提交申请
将准备好的材料提交至市工业和信息化局电子信息产品管理处。
初审
市工业和信息化局电子信息产品管理处对提交的材料进行初审。
通过初审的材料上报至省工业和信息化厅软件与信息服务业处。
未通过初审的材料将反馈给申请单位。
审批
省工业和信息化厅对上报的材料进行审批。
审批通过后，颁发由工业和信息化部统一印制的《资质证书》。
查询资质
通过审批的企业可以在“信息系统集成及服务资质网”的“集成企业资质查询”中查询到企业的资质证。
对于 涉密信息系统集成资质的申请流程，则包括：
提交申请
在保密行政管理部门公布的期限内提交申请。
材料审查
保密行政管理部门收到材料后10个工作日内完成审查。
书面审查
资质申请单位填写《涉密信息系统集成资质书面审查表》并提交。
现场审查
通过书面审查的单位，由保密行政管理部门或其委托的审查机构进行现场审查。
专家评审
审查机构根据书面审查、现场审查和专家评审意见，出具审查报告。
审批决定
资质管理委员会对审查材料进行研究讨论，确定授予资质的单位名称。
颁发证书
作出审批决定的保密行政管理部门组织保密培训，并颁发《涉密信息系统集成资质证书》。
请注意，具体的申请流程和要求可能会根据最新的政策和规定有所变化，建议直接访问相关官方网站或联系当地工业和信息化主管部门获取最新信息