莲妃陷害巫族的原因是她对巫族怀有怨恨。莲妃原本是巫族之人，但她与先帝相爱后遭到了巫族的反对，因此她选择了假死易容，脱离巫族。此后，莲妃对巫族怀恨在心，并利用自己的身份和影响力，策划了一系列针对巫族的阴谋。
嫁祸巫族：
莲妃害死了皇后和九王妃，并将罪名嫁祸给了给皇后看病的巫族大长老昔邪和桃殀，导致巫族被赶出世代居住的离境天，族中所有巫女被迫喝下压制灵力的药水。
培养暗巫：
莲妃还计划通过九皇子培养出一个暗巫女武娉婷，开设醉舞坊，用暗巫术法害人来达到她复仇的目的。
莲妃的这些行动显示了她对巫族深仇大恨，并试图通过一系列复杂的阴谋来达到她复仇的目标。