瑞丽海关的主要职责包括：
监督管理：
对瑞丽口岸和辖区内非指定通道及进出口货物的仓库堆场进行监督管理。
进出口货物监管：
对瑞丽口岸进出口货物、进出境车辆进行监管，办理查验、放行手续。
边民互市点监管：
对瑞丽口岸边民互市点互市货物进行监管。
过境货物监管：
办理过境货物、转关运输货物的申报手续，实施监管、验放。
车辆管理：
负责瑞丽口岸进出境车辆的注册备案和年审，办理承运海关监管货物车辆、驾驶员的注册登记备案及培训。
旅客物品监管：
负责进出境旅客携带行李物品的征、免税审批手续和查验、放行工作。
物品监管：
对外国常设机构及人员办公用品、三资企业外方常驻代表自用物品、华侨、港澳台同胞、国际组织、政府间捐赠物资以及外教、外国专家、外国工程技术人员、外国留学生进境物品的监管工作。
印刷品和音像制品审查：
审查有关印刷品、音像制品。
邮递物品和免税店物品监管：
负责进出境邮递物品、免税店物品的监管。
财务管理：
负责海关的财务管理工作。
物业管理：
包括公共安全保卫、卫生、绿化、修缮、房屋出租等公共物业管理工作。
后勤管理：
固定资产管理工作，办公设备、车辆的维护、管理等后勤保障工作。
接待工作：
完成关内的各项接待任务。
人力资源管理：
负责关内按干部管理权限管理的干部及其他工作人员的管理工作。
安全保卫和教育培训：
负责安全保卫、教育培训工作。
纪检监察：
负责本关纪检监察工作。
组织考试：
负责报关员资格考试组织工作。
协调工作：
联系协调扶贫工作。
缉私工作：
打击走私犯罪，维护国家安全、社会安定和人民安宁。
支持地方经济发展：
通过优化税收征管作业方式、压缩货物通关时间等措施，支持地方经济发展。
瑞丽海关还负责一些特色工作，如推进关检业务深度融合，实现关检项目整合申报，优化税收征管作业方式，压缩货物通关时间等。