电脑发出咚咚声可能是由多种原因造成的，以下是一些可能的原因和相应的解决方法：
硬件连接问题
检查USB接口是否存在故障，尝试逐个启用USB接口，找出问题所在并禁用。
系统提示音
可能是系统自带的提示音，可以尝试将错误提示音设为静音。
后台程序或驱动问题
检查是否有后台程序出错导致系统重启，并尝试重新安装或更新相关驱动程序。
硬盘问题
硬盘与主板的接线可能不牢，或者硬盘本身存在问题，如磁头电机归位时的声音。
风扇或零件松动
台式机内部风扇或其他零件可能损坏或松动，需要检查并紧固或更换。
系统文件问题
使用优化大师检查启动项，确保不必要的程序不会在开机时加载。
音频设置问题
检查声音和音频设备的设置，确保没有不必要的音效开启。
硬盘读盘声音
硬盘上电时磁头寻找磁道会产生声音，这属于正常现象。
如果上述方法都不能解决问题，可能需要进一步检查硬件或寻求专业人士的帮助。