增值税一般纳税人在支付运输费用时，可以根据以下方式抵扣增值税：
增值税专用发票
从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，可以直接用于抵扣销项税。
海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，也可用于抵扣。
代扣代缴税款的完税凭证
从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额，同样可以用于抵扣。
运费发票
根据运费发票所列运费金额乘以相应的扣除率计算进项税额。扣除率可能因时间和政策调整而变化，请参考最新的税法规定或咨询当地税务机关。
对于增值税一般纳税人外购货物或销售货物所支付的运输费用（代垫运费除外），可以使用运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依9%的扣除率计算进项税额准予扣除。
在某些情况下，如购买货物和销售产品产生的运输费用，可能按照7%的扣除率计算进项税额。
请注意，随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费通常不得计算抵扣进项税额。
以上信息基于最新的税法规定，具体操作时请以当地税务机关的规定为准。