细菌通过其代谢作用分解物质，主要包括以下几个方式：
分泌酶：
细菌分泌各种酶来分解不同的化合物，如纤维素酶分解木质纤维素，蛋白酶分解蛋白质，淀粉酶分解淀粉等。
蛋白质分解：
蛋白质在细菌分泌的蛋白水解酶作用下，在肽键处断裂，生成多肽和二肽，进一步在肽酶作用下分解成氨基酸，这些氨基酸可以被细菌吸收并用于生长和繁殖。
糖类分解：
细菌分泌胞外酶将多糖分解成单糖（如葡萄糖），然后吸收并转化为丙酮酸。需氧菌和厌氧菌对丙酮酸的利用不同，需氧菌通过三羧酸循环彻底分解，而厌氧菌则发酵产生各种酸、醛、醇、酮等。
其他有机物分解：
细菌还能分解其他有机物，如尿素酶可以水解尿素产生氨，以及含硫氨基酸如胱氨酸分解成氨和硫化氢。
无机物分解：
某些细菌能分解无机物，如产气肠杆菌能分解柠檬酸盐生成碳酸盐，并分解铵盐生成氨。
细菌在生态系统中通过这些方式分解有机物，对物质循环起着重要作用