留学中介在合同中约定违约金是合法的。根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以在合同中约定，如一方违约，应根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
如果合同中的违约金数额被当事人认为过高，可以依法请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。此外，如果合同中约定了迟延履行的违约金，违约方在支付违约金后，仍然需要履行债务。
需要注意的是，中介合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。如果中介人未促成合同成立，通常情况下不得请求支付报酬，但可以按照约定请求委托人支付从事中介活动支出的必要费用。