康熙帝消灭葛尔丹的主要原因包括：
统一国家：
葛尔丹领导的势力威胁到清朝的统一和稳定，作为满洲王朝初期的重要敌对势力，他带领的明朝遗臣、明军残余和各山区少数民族等势力对清朝构成威胁。
恢复中原：
葛尔丹统治下的陕西、河南、山东等地区对清朝有较大影响力，消灭葛尔丹势力有助于恢复对这些地区的控制，恢复中原的统一格局。
削弱鞑靼威胁：
葛尔丹代表鞑靼人，其势力曾威胁北京，康熙帝消灭葛尔丹可以削弱鞑靼势力，确保清朝边疆安全。
巩固统治：
葛尔丹的势力不仅地理上占领，还代表着反清势力，消灭葛尔丹可以显示康熙帝的统治能力，提升清朝声威，巩固对反清势力的镇压。
此外，葛尔丹的扩张行为，特别是对蒙古中部和东部部族的统治威胁，以及他试图通过击败清军来确定自己对蒙古的统治权，也是康熙帝决定消灭他的原因。
康熙帝在处理与葛尔丹的关系时，虽然因女儿蓝齐儿与葛尔丹的婚姻关系而心存不满，但最终还是选择为了国家的统一和边疆的安全，对葛尔丹进行军事打击