新华书店是中国国有图书发行企业，其管理机构根据不同的时期和改革措施有所变化。根据提供的信息，新华书店总店在不同时期曾直属于多个领导机关，包括中共中央宣传部、文化部、国家出版局、国家新闻出版总署等。近年来，随着文化体制改革的推进，新华书店总店成为了中国出版集团的一部分，并在2017年与阿里云进行战略合作，推动业务流程的创新。
在不同地区，新华书店可能隶属于不同的集团或部门。例如，一些新华书店可能隶属于省新华发行集团、当地文化产业集团、省出版集团公司或省新华书店集团公司。新疆维吾尔自治区的新华书店就直接隶属于新疆维吾尔自治区。
总结来说，新华书店的管理机构可能包括中共中央宣传部、中国出版集团、地方文化产业部门等，具体归属取决于地区和改革政策。
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