海事局是负责水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验登记、船舶污染防治、航行安全等行政执法职责的行政管理机构。其内部设置多个部门，主要包括：
行政管理部门
办公室
人事
宣传
党委等部门
业务部门
海上搜救中心：负责协调和指导海上搜救行动。
船舶检验所：负责船舶检验和安全管理。
海事安全部：负责海上安全和防灾减灾工作。
海事法制办公室：负责海事法制工作。
海事监管局：负责监督和管理海上交通。
海事科学研究所：负责海洋科学研究。
海事信息中心：负责收集、整理和发布海事信息。
海事教育与培训中心：负责海事人才培养和教育。
船舶能效管理中心
船舶动态监控中心
船舶交通管理中心
海上技能训练中心
船员考试中心
船舶油污损害理赔事务中心
后勤管理中心
船舶检验管理处
航海保障管理处
安全管理处
基建装备处
审计处
科技信息处
党组工作部（组织处）
纪检办公室
直属机关党委办公室（工会办公室）
政策法规处
船舶动态监控中心
海上搜救中心办公室
船舶交通管理中心
海巡执法支队
政务中心
船舶能效管理中心
海事技能训练中心
船员考试中心
船舶油污损害理赔事务中心
后勤管理中心
船舶检验管理处
航海保障管理处
安全管理处
基建装备处
审计处
科技信息处
党组工作部（组织处）
纪检办公室
直属机关党委办公室（工会办公室）
船舶动态监控中心
海上搜救中心办公室
船舶交通管理中心
海巡执法支队
政务中心
船舶能效管理中心
海事技能训练中心
船员考试中心
船舶油污损害理赔事务中心
后勤管理中心
船舶检验管理处
航海保障管理处
安全管理处
基建装备处
审计处
科技信息处
党组工作部（组织处）
纪检办公室
直属机关党委办公室（工会办公室）
船舶动态监控中心
海上搜救中心办公室
船舶交通管理中心
海巡执法支队
政务中心
船舶能效管理中心
海事技能训练中心
船员考试中心
船舶油污损害理赔事务中心
后勤管理中心
船舶检验管理处
航海保障管理处
安全管理处
基建装备处
审计处
科技信息处
党组工作部（组织处）
纪检办公室
直属机关党委办公室（工会办公室）
船舶动态监控中心
海上搜救中心办公室
船舶交通管理中心
海巡执法支队
政务中心
船舶能效管理中心
海事技能训练中心
船员考试中心
船舶油污损害理赔事务中心
后勤管理中心
船舶检验管理处
航海保障管理处
安全管理处
基建装备处
审计处
科技信息处
党组工作部（组织处）
纪检办公室
直属机关党委办公室（工会办公室）
船舶动态监控中心
海上搜救中心办公室