种子出现裂缝的原因通常有以下几种：
干燥脱水造成的失水性开裂
当气候由湿润变为干燥时，种子可能会因为失水而开裂。
如果种子在通货状态下未被清理干净，果肉和灰尘会锁住水分，清洗后水分蒸发导致开裂。
新手串或手持佩戴前4到6个月，如果带出室外，干燥的风会加速水分蒸发，导致开裂。
放置在热源如显示器、充电器、电源适配器、台灯、暖气或空调旁，因热源造成水分蒸发，也可能导致开裂。
种子萌发激素造成的开裂
种子内部可能因为萌发而加压，导致外壳开裂，有时种子甚至会因为内部压力而弹射。
严重挤压磕碰造成的开裂
如果种子经历了严重的挤压或磕碰，可能会导致内部结构损坏，从而引起开裂。
水杉种子成熟后的自然裂痕
水杉果球在成熟后可能会自然裂口并飘落，特别是当水杉母树树龄达到30年及以上时，种子发芽率和成活率较高。
基因因素
某些品种基因中可能含有导致水裂纹的性状，选择这类品种时需要注意。
天气因素
苹果生长前期如果气候干旱，后期雨量充沛，可能导致果实迅速膨大，果皮增长速度跟不上果肉，形成裂纹。
防治措施包括选择无水裂纹性状的品种、做好天气变化的应对措施、及时灌溉以及适当的种子处理等。