昆山市环境保护局是负责昆山市环境保护工作的职能部门，其主要职责包括：
1. 贯彻执行国家环境保护的方针政策和法律法规，参与拟订与环境保护相关的经济、技术、资源配置和产业政策。
2. 拟订市环境保护规划和计划，并监督实施。
3. 负责大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车排放污染物等方面的监管及防治工作。
4. 监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。
5. 负责全市环境保护行政执法工作，组织监督各类污染源治理和污染物排放情况。
6. 组织实施各项环境管理制度，负责环境保护行政许可事项。
7. 负责全市环境信息工作，组织实施全市环境质量监测和污染源监督性监测。
8. 组织、指导和协调环境保护宣传教育工作。
9. 开展环境保护领域的对外交流与合作。
10. 负责电磁辐射源、放射源以及放射性废物的监控和管理。
11. 参与太湖流域水污染防治工作的综合监管职责。
12. 承办市政府交办的其它事项。