叶尼塞河流经的城市包括：
克拉斯诺亚尔斯克（Krasnoyarsk）：位于叶尼塞河与西伯利亚大铁道交叉处，是东西伯利亚最大的城市及工业和文化中心。
阿巴坎（Abakan）：位于叶尼塞河上，是流域内的一个重要城市。
图瓦共和国首府克孜勒（Kyzyl）：位于大小叶尼塞河汇合处，是图瓦共和国的首府。
伊尔库茨克（Irkutsk）：位于安加拉河与伊尔库特河汇流之处，是俄罗斯在远东的重要城市。
伏尔加河沿岸城市：虽然伏尔加河与叶尼塞河是不同的河流，但它们都流经俄罗斯并有许多共同的城市，例如加里宁、高尔基、喀山、古比雪夫、伏尔加格勒等。
叶尼塞河是俄罗斯水量最大的河流，注入北冰洋的喀拉海的叶尼塞湾