《查理九世》被禁的原因主要是因为其内容被认为血腥、恐怖、暴力，不适合儿童阅读。以下是具体的原因：
家长举报：
一些家长认为书中描述的内容过于血腥和恐怖，不适合孩子阅读，因此进行了举报。
学生自杀事件：
一名六年级学生在上吊自杀后，其遗体旁发现了一本《查理九世》的书，使得家长将孩子的自杀与该书联系起来，加剧了家长对书籍的负面看法。
社会舆论：
社会上有声音指出，流行书籍中充斥着搞笑或故弄玄虚的内容，而《查理九世》被认为具有教育价值，能够培养孩子的阅读兴趣和品位。
国家新闻出版广电总局：
该书最终被国家新闻出版广电总局列为禁书。
这些因素综合作用，导致了《查理九世》的封禁。