阿内尔卡离开申花的原因主要包括以下几点：
欠薪问题：
阿内尔卡首次加盟申花时，他的第一个月工资被分成了10次支付，这给他带来了很大的不便。此外，他还提到与俱乐部之间的付款问题，包括与法国带来的助理一起长时间等待工资发放。
个人性格：
阿内尔卡喜欢挑战和冒险，他可能觉得在申花的主帅位置上，由于需要同时指挥比赛和上场踢球，这种双重角色让他感到压力很大。
球队管理：
阿内尔卡在申花期间，由于个人性格原因，与球队主帅蒂加纳产生了矛盾，最终导致蒂加纳离队。此后，阿内尔卡实际上成为了申花的主帅，但由于战绩不佳，最终被球队送走。
球队实力：
有观点认为，阿内尔卡认为中超联赛的实力水平过低，这也是他选择离开的一个原因。
其他因素：
申花股权纠纷问题以及球队内部的不和也可能是导致阿内尔卡离队的原因。
以上几点综合起来，可以看出阿内尔卡离开申花是一个由多方面原因造成的复杂问题。