长春光机所的管理及支撑部门机构设置如下：
1. 综合办公室（简称：综合办）
2. 科研管理一处（简称：科研一处）
3. 科研管理二处（简称：科研二处）
4. 科研管理三处（简称：科研三处）
5. 财务管理处（简称：财务处）
6. 科研条件处（简称：条件处）
此外，长春光机所还有无人飞行器研究部，这是其重点发展的创新部门之一，包含以下研究室：
无人机研究室
精确制导研究室
无人飞行器技术创新研究室
专业领域覆盖飞行器总体设计、气动、动力、导航制导与控制、系统仿真技术、光学、机械、电子学、软件及可靠性等多个学科。
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