首都选址是一个复杂的过程，涉及多方面的考量。南京作为中国的历史文化名城，虽然具有许多优势，但在新中国成立时，并未被选为首都，主要基于以下几点原因：
安全因素
南京在历史上曾是国民党政权的核心区域，政治基础复杂，且遭受了严重的战争破坏。
国民党在沿海地区仍有势力，南京容易受到国军轰炸机的威胁。
群众基础
南京民众在国民党政权下生活多年，其思想观念和政治倾向相对复杂，群众基础不如北方城市深厚。
战略位置与防御能力
北京位于中国的中心地带，便于全国各地区之间的交通和联络，战略位置优越。
相比之下，南京地理位置偏南，不利于统筹协调全国资源。
经济发展
虽然南京经济实力较强，但与一些一线城市相比仍有差距，首都需要具备一定的经济实力和辐射能力。
政治决策
新中国成立时，定都北京的决议早在1949年3月5日的七届二中全会上就已通过。
北京作为革命的大本营，有着深厚的政治基础。
其他因素
南京的气候条件、历史背景、交通状况等，相对于北京来说，存在一些不利因素。
综上所述，安全、群众基础、战略位置、经济发展等多方面因素综合作用，使得北京成为新中国的首都，而南京则未被选为首都