不，东吴大学和苏州大学不是同一个学校。它们有共同的起源，即东吴大学，但发展路径不同。
东吴大学：成立于1900年，是中国最早开展研究生教育并授予硕士学位、最先开展法学（英美法）专业教育，以及第一家创办学报的大学。
苏州大学：是东吴大学在1952年中国大陆院系调整后，由东吴大学的文理学院、苏南文化教育学院、江南大学的数理系合并组建的学校，并更名为江苏师范学院。1982年，学校复名为苏州大学。
江苏省的苏州大学和台湾省的东吴大学虽然同根同源，但它们是分别独立运营的。台湾省的东吴大学是1949年由东吴大学在台校友倡议在台湾省建立的