东莞的主要码头包括：
1. 虎门港
国家一类口岸，对外国籍船舶开放。
拥有多个泊位，设计能力达600万吨。
包含莞城港区、石龙港区等。
2. 麻涌港区
拥有新沙港和东莞港麻涌港区。
华南地区最大的综合性港口之一。
5-10万吨级泊位14个。
3. 沙田港区
主要做集装箱运输。
拥有大型码头设施，如海腾港务有限公司码头。
4. 立沙岛港区
主要服务于石化行业。
5. 新沙南作业区
赤湾港做杂货，海昌做煤炭。
6. 内河港区
规划有游船游艇码头。
以上信息根据最近的更新整理而来，具体情况可能会随着时间发展有所变化。