东莞市交通局主管全市的公路、水路、港口交通行业。具体职责包括：
1. 贯彻执行国家和省有关交通运输工作的方针政策和法律法规，起草相关地方规范性文件并监督实施。
2. 组织拟订交通行业发展规划、中长期计划和年度计划并监督实施。
3. 参与拟订物流业发展战略和规划，指导交通运输行业体制改革工作。
4. 负责综合交通运输体系的规划管理协调工作，指导、协调交通运输枢纽规划、建设和管理。
5. 监督和管理政府拨款的公路建设资金，协调交通建设资金的筹集，并监督实施相关规费政策。
6. 承担道路、水路、港口建设市场监管责任，组织协调重点工程建设，并负责工程质量和安全生产监督管理。
7. 承担道路、水路运输市场监管责任，组织制定相关政策并监督实施，指导城乡客运及有关设施规划和管理，负责路政、运政和港航管理。
8. 对运输行业各类违法违章行为进行查处，维护良好的运输市场秩序。
9. 培育、监督、管理交通运输市场和交通基础设施建设市场，规划市场体系布局，制定市场规则，规范市场行为。
10. 指导交通行业体制改革，引导行业优化结构、协调发展。
东莞市交通局内设多个职能科室，并管辖多个事业单位，负责具体的行政管理工作