南京明城墙共建有 十三座内城门，这些城门自东南向西北顺时针依次是：
1. 朝阳门（今中山门）
2. 正阳门（今光华门）
3. 通济门
4. 聚宝门（今中华门）
5. 三山门（今水西门）
6. 石城门（今汉中门稍南的汉西门）
7. 清凉门（又称清江门）
8. 怀远门（今定淮门）
9. 仪凤门（今中兴门）
10. 钟阜门
11. 金川门
12. 神策门（今和平门）
13. 太平门
此外，南京还有 水关两座，分别是东水关和西水关。
这些城门不仅是古代南京城的重要防御设施，也是城市交通和地理格局的重要组成部分。如今，这些城门多数已不复存在，但仍有部分城门遗址和纪念建筑可供游客参观和凭吊。