首都儿科研究所（Capital Institute of Pediatrics）是位于北京市月坛南街的应用医学研究机构，它是新中国第一家儿科医学研究所，专注于医学基础研究、儿科疾病发病机理研究和儿童保健。该所成立于1958年，最初作为前身中国医学科学院儿科研究所，在1983年归属于北京市卫生局，并在1986年建立了附属儿童医院。附属儿童医院是一所三级甲等医院，属于公立非营利性医疗机构，提供儿科基础研究、临床、高等教育和预防保健等服务。
首都儿科研究所还设有多个基础研究室、儿童健康大数据中心、实验中心以及北京市重点实验室，并拥有博士、硕士研究生导师和高级职称专家。它是北京协和医学院联合申报儿科学博士、硕士学位授权点，以及国务院学位办批准的临床医学一级学科硕士学位授权点。