马萨里克大学是捷克著名的综合性大学，拥有广泛的学科设置，包括自然科学、社会科学、医学、经济学、法律等多个领域。以下是一些主要的专业设置：
医学院：
提供护理、健康科学、普通内科、口腔病学、牙科专业等课程。
法学院：
包括法律专业、法律与法律科学、理论法律科学等。
理科学院：
涵盖数学、应用数学、地质学、地理学、应用地理、生物化学、化学、应用生物化学、生物学、人类学、人类生物学、物理、应用物理等专业。
文科学院：
包括哲学、人文科学、历史科学、信息与图书馆学、语言学、教育学、专业教育学、一般理论及文科与文化史论、中学师资培训、小学师资培训等。
教育学院：
提供教育学、小学师资培训、特殊教育学、专业化教育学、中学师资培训、教学助理培训、健康科学、美术理论与历史、音乐理论与历史等课程。
经济学院：
包括经济学理论、经济政策与行政管理、经济与管理、系统工程和信息学、经济学定量分析法等。
信息学院：
提供信息学、应用信息学、中学师资培训等课程。
社会研究学院：
包括人文科学、政治学、国际关系与欧洲政治等。
体育学院：
提供相关专业课程。
此外，马萨里克大学还提供英语授课的本科专业，例如医学、经济学、英语语言学、文化研究相关专业等。
马萨里克大学在农业和林业专业以及药学专业方面也有较好的国际排名，显示了其在这些领域的实力。