在填写特岗教师申请时，初中阶段的专业填写应遵循以下原则：
相关专业：
可以填写相关的教育学专业或者对应的学科专业，如数学、语文、英语等。
专业要求：
所学专业应与报考的岗位学科一致或相近。例如，报考初中语文教师岗位，需要持有初中语文教师资格证，并且大学专业应为语文教育专业或汉语言文学教育专业。
放宽条件：
某些情况下，专业要求可以放宽至一个学科门类内的相关专业。
地方差异：
不同地区可能有不同的专业要求，建议参考当地往年的招聘公告或咨询招考单位。
个人情况：
选择与自己专业、兴趣和职业规划相符的学科，有助于提高报考成功率和未来的教学工作满意度。
请根据以上信息，结合个人实际情况和当地的具体要求，选择合适的专业进行报考。