爱沙尼亚与中国关系不好的原因可能包括以下几点：
地缘政治因素
爱沙尼亚与俄罗斯接壤，历史上一直受到俄罗斯的欺凌，因此对俄罗斯持有极度敌视态度。
随着中俄关系的改善，爱沙尼亚可能会更加警惕，导致对中国的不信任情绪加深。
北约和西方大国影响
爱沙尼亚的国防安全完全依赖北约的力量，美国在其外交关系等级中位居首位。
当中美关系恶化时，爱沙尼亚可能会为了表明立场而充当“反华”先锋。
技术竞争与安全担忧
爱沙尼亚情报部门警告称，如果欧洲在一些关键技术上不能领先于中国，将面临中国超越西方并主导世界的风险。
因此，爱沙尼亚政府建议避免在技术上对中国形成依赖，以保护国家安全。
外交政策选择
爱沙尼亚在设立“台北代表处”时，试图在经济和文化层面与台湾合作，而非政治层面，以避免与中国发生严重冲突。
然而，面对中国的主权立场，爱沙尼亚需要重新考虑其与中国台湾的合作策略。
这些因素综合作用，导致了爱沙尼亚与中国之间的紧张关系。