海关增值税的抵扣流程通常包括以下几个步骤：
备案登记
在签订进口货物合同后的5日内，到当地税务局进行备案登记（某些区域可能不需要登记）。
获取海关增值税票
取得海关进口增值税票，这是一联既是发票联又是抵扣联的文件。
录入纳税报表
在征期录入纳税报表时，在申报系统中填写海关增值税抵扣表，并按照表格要求填列。
抵扣期限
抵扣的期限通常是从开票之日起180天内有效，但货款必须已经支付，且进口增值税票上的合同号应与签订的进口货物合同编号一致。
计算进口增值税
进口增值税的计算公式为：`进口增值税 = （货物价款 + 关税 + 消费税 + 运费 + 保险费） * 17%`。
提交抵扣申请
将海关完税凭证和抵扣清单录入税务部门的采集软件中，并导出清单存入U盘。
携带营业执照、增值税缴款书、抵扣清单纸质版和U盘，到税务局的办税大厅提交抵扣申请。
审核与比对
税务局根据提交的申请和清单进行审核和比对，数据正确后下达增值税的抵扣凭证。
抵扣操作
公司凭税务局下达的增值税抵扣凭证进行增值税抵扣。
请注意，以上步骤可能因地区或具体操作规定有所变化，建议咨询当地税务局或专业税务顾问以获得最新信息