北京辅仁大学自创立以来，经历了多次变迁，包括被并入北京师范大学以及在台湾复校。以下是部分历任校长的信息：
朱秉文神父- 1962年5月，朱秉文神父被任命为台湾省嘉义县私立辅仁初级中学的第一任校长。
陈垣- 1952年之后，陈垣先生就任北京师范大学校长，同时也曾在北京辅仁大学担任校长。
李棣华- 1959年至1964年，李棣华先生兼任北京外国语学院附中校长。
曾远辉- 1964年至1965年，曾远辉先生担任北京外国语学院附属外国语学校校长。
齐平- 1965年至1974年，齐平女士担任北京辅仁大学校长。
张日亮神父- 1960年，张日亮神父被任派筹办辅仁大学在台湾的复校，并随后担任校长。
程建平- 现任北京师范大学党委书记，核科学与技术学院教授。
马骏- 现任北京师范大学校长、党委副书记。
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