收到运费发票通常需要缴纳的税种是增值税。根据不同的业务类型和发票类型，税率可能会有所不同。以下是一些常见的税率情况：
1. 一般纳税人的运输发票，税率可能是9%。
2. 小规模纳税人的征收率可能是3%，在疫情期间可能是1%。
3. 支付运费时如果是作为价外费用，需要计算销项税，通常按照运费收入除以（1+适用的增值税率）再乘以适用的增值税率来计算。
4. 如果是支付运费并取得了合法发票，可以根据发票金额乘以相应的税率计算进项税额进行抵扣。
请根据您收到的运费发票上注明的具体税率和您公司的纳税人身份，以及适用的税收优惠政策，来确定应缴纳的税额。如果您需要更详细的计算或有关税务的咨询，请咨询专业的税务顾问或当地税务部门