工程审计员需要考取的证书主要包括：
造价工程师或预算员中级证书：
这是从事工程审计工作必须的证书，涉及工程造价管理、工程量清单编制、工程合同管理等方面的知识。
注册内部审计师（CIA）资格证书：
如果从事内部审计工作，考取CIA证书是必要的，它涉及内部审计活动的基础知识、实践管理和业务分析技术。
注册会计师（CPA）资格证书：
对于外审工作或在会计师事务所工作的审计员，CPA证书是会计和审计领域的顶级认证，涉及财务会计与报告、审计与鉴证服务等科目。
注册建造师（RCC）资格证书：
如果涉及国家重大工程建设项目的审计，需要考取一级或二级建造师执业资格证书，涵盖建设工程相关的专业知识。
其他相关证书：
根据个人职业发展方向，可能还需要考取项目管理专业人士（PMP）认证、信息系统审计控制和安全专家（CISA）认证等。
此外，工程审计员还应具备工程造价、技术、法制、财税、信息、沟通等方面的知识。