日本过境签证的办理流程通常如下：
准备材料
有效期超过6个月的护照；
填写完整的签证申请表；
白底彩色2寸照片1张；
申请人所在户口本的复印件；
经过确认的联程机票；
目的地国的入境签证。
递交方式
日本签证原则上不接受个人申请，需要通过日本驻华使领馆指定的代理机构办理。
签证申请费用
除了签证费用，还需支付代办机构的代办服务费。具体费用需要与代办机构确认。
注意事项
如果旅行者持有联程机票或船票在日本国际机场转机，并且不需要停留过夜，通常不需要办理过境签证；
如果需要在日本停留过夜，要根据机场是否为24小时开放来决定是否需要入境/过境签证。
建议在计划行程时提前一个月左右通过指定的代理机构递交申请，并缴纳相应的费用。