组织学染色方法主要包括以下几种：
HE染色法（Hematoxylin and Eosin Staining）
使用 苏木精（Hematoxylin）染细胞核和某些酸性细胞质， 伊红（Eosin）染细胞质和细胞外基质，呈现蓝色和粉红色。
Masson三色染色法
用于显示胶原纤维和肌纤维等结缔组织，使用 苯胺蓝和 品红染色，胶原纤维呈绿色，细胞核呈蓝色，肌纤维呈红色。
Mallory三色染色法
用于判定组织病变程度及修复情况，区分肿瘤组织中的纤维成分与平滑肌，胶原和网状纤维呈蓝色，软骨和淀粉样变物质呈淡蓝色，神经胶质纤维、细胞核、肌纤维和酸性颗粒呈红色，髓鞘和红细胞呈橘红色。
PAS染色法（Periodic Acid-Schiff Staining）
用于显示组织中糖原等多糖或糖蛋白物质，使用 过碘酸和 Schiff's试剂染色，呈现紫红色。
网状纤维染色法
用于显示网状纤维，通常使用银染法。
弹性纤维染色法
用于显示弹性纤维，使用特殊染料进行染色。
肌肉组织染色法
用于显示肌肉组织，如使用NADH脱氢酶染色法。
神经组织染色法
用于显示神经组织，如使用银染法或Nissl染色法。
骨组织染色法
用于显示骨组织，如使用Goldner三色染色法。
脂肪组织染色法
用于显示脂肪组织，如使用苏丹Ⅲ染色法。
这些染色方法有助于病理学家在显微镜下观察组织的结构和病理变化，从而做出诊断。每种染色方法都有其特定的应用和目的，选择合适的染色方法对于病理诊断非常重要