保护小股东利益的方法主要包括以下几点：
知情权
小股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。
小股东可以要求查阅公司会计账簿，但需向公司提出书面请求并说明目的。
参与权
小股东有权在股东大会上行使表决权，并可以通过代理投票制度委托他人代为行使。
累积投票制允许小股东集中票数选举董事或监事，以保护小股东利益。
诉讼权
小股东可以提起直接诉讼，当股东大会或董事会的决议违反法律、行政法规时。
小股东可以提起股东代表诉讼，当公司的合法权益受到侵害而公司怠于行使诉权时。
利益保护
在公司经营管理不善等损害股东利益的情形下，小股东可以联合起来请求解散公司。
小股东拥有股利分配请求权，可以要求按照持股比例分配股利。
其他措施
限制大股东的表决权，例如在公司修改章程、增减注册资本等重大事项上。
在董事会和监事会中增加职工代表的比例，以制约大股东的行为。
公司内部建立权利制衡机制，强化监事会的权利，并赋予其在特殊情况下采取应对措施的能力。
法律依据主要包括《中华人民共和国公司法》中关于股东权利的规定。