苦瓜之所以会苦，主要是因为它含有两种物质：瓜苦叶素和野黄瓜汁酶。瓜苦叶素是瓜类植物特有的苦味素，通常以糖苷的形式存在于苦瓜中。而野黄瓜汁酶则是另一种物质，当它与瓜苦叶素同时存在于苦瓜中时，就会产生苦味。西瓜和南瓜等瓜类植物中也含有瓜苦叶素，但由于它们不含野黄瓜汁酶，所以它们吃起来没有苦味。苦瓜的苦味还有可能来源于其中的奎宁和苦瓜甙，通常熟透的苦瓜味道更苦。
需要注意的是，苦瓜的苦味不仅是其独特的风味，它还被认为具有健康益处，如苦瓜素被认为具有抗氧化和抗炎作用。此外，苦瓜的苦味可以通过烹饪方法来减轻或转化为甘美口感