办理港澳通行证的流程通常包括以下几个步骤：
准备材料
本人身份证原件及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）。
填写《中国公民出入境证件申请表》。
2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付）。
若只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，若两地都去，则两地签注都要申请。
采集指纹
在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹（左右手大拇指），16周岁以下申请人是否采集指纹根据监护人意见确定。
提交申请
本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请。
携带户口簿和身份证前往公安局出入境支队填写港澳通行证表单。
审核材料
工作人员对提交的材料进行初审，并出具缴费单。
缴纳费用
到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用80元，签注费用以签注类型而定。
制作证件
省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证。
领取证件
本人凭申请回执单及缴费收据，到受理申请的出入境管理处领取证件。
也可以选择快递形式收件，只需等候快递人员上门签收。
请注意，办理时限通常为自受理之日起10个工作日，不包括邮递日（一般在五天左右）以及节假日。