日本在留资格申请可能面临困难的原因主要包括：
日语水平不足：
日本入境管理局对留学生的日语能力有严格要求，特别是对于申请语言学校的学生，需要提供至少N2等级的日语证书。
经济能力质疑：
申请在留资格时，需要提供经费支付者的收入证明或存款证明，收入过低或存款证明造假都可能导致申请被拒。
申请人年龄偏大：
日本大学通常不接收毕业五年以上的学生，年龄接近或超过30岁的申请人可能因学习能力、状态及留学目的被怀疑。
材料真实性受质疑：
如高考试卷评分差异超出阈值，或材料中存在不一致之处，都可能引起审查机构的怀疑。
申请理由不充分：
在留资格申请文件中，就学理由书的撰写非常重要，需要明确阐述赴日留学的动机、规划和未来去向。
材料有效性问题：
避免使用地方小银行、合作社、邮局等机构开具的存款证明，以免不被认可。
毕业时工作单位未确定：
如果毕业后尚未找到工作，可能需要将在留资格改为“特定活动”。
政策变动：
日本出入国在留管理厅可能会根据统计数据调整政策，如对非法滞在采取措施，或在某些情况下放宽对创业者的在留资格申请限制。
其他审查标准：
包括对申请人健康状况、犯罪记录等方面的审查。
针对以上问题，建议在申请日本在留资格时，确保材料真实可靠，日语水平达到要求，并且有充分的留学计划和明确的未来规划。