部队进行裸检的原因主要包括以下几点：
确保体检全面和准确：
裸检可以全面检查应征者的身体，包括骨骼、生殖器等关键部位，有助于发现可能存在的疾病或缺陷。
防止疾病传播：
军校和部队是人群密集的地方，进行裸检有助于防止传染病的传播。
避免资源浪费：
通过裸检，可以及时发现身体器官功能缺陷等问题，避免因健康问题影响正常训练，减少人力和财力的浪费。
维护部队形象和秩序：
保持军队的纪律性和形象，避免因健康问题造成不必要的尴尬和影响。
根据《中华人民共和国应征公民体格检查标准》，征兵入队时的体检项目包括腋窝、肛门及身体等部位，进行脱衣检查是为了全面检查身体体格、皮肤和肌肉是否有可见病变。