晋江市商务局内设的科室包括：
1. 办公室
2. 财务室
3. 对外贸易科
4. 外国投资管理科
5. 市场体系建设科
6. 市场运行调节科
7. 酒类监督管理科
8. 综合调研科
9. 法规科
10. 财务审计科
11. 人事科
12. 对外经济合作科
13. 投资管理科
14. 商贸服务科
15. 流通业发展科
16. 电子商务科
17. 加工贸易科
18. 口岸科
19. 市场秩序科
20. 商务系统直属分工委
21. 企业维稳和离退休人员管理科
请注意，科室的设置可能会随着时间和政策的变化而有所调整。如果您需要最新的信息，建议直接咨询晋江市商务局或访问他们的官方网站