昆明共有27个隶属海关，分布在12个州市。这些海关包括：
1. 德宏州的盈江海关、章凤海关、瑞丽海关、畹町海关、芒市海关；
2. 临沧市的南伞海关、孟定海关、沧源海关；
3. 普洱市的孟连海关、思茅海关、勐康海关；
4. 西双版纳州的西双版纳海关、打洛海关、勐腊海关；
5. 文山州的都龙海关、天保海关、田蓬海关；
6. 红河州的金水河海关、河口海关、蒙自海关；
7. 保山州的腾冲海关；
8. 怒江州的怒江海关；
9. 昆明海关；
10. 昆明长水机场海关；
11. 芒市机场海关；
12. 河口北火车站；
13. 昆明综合保税区。
昆明海关及其下属的海关单位负责监管云南省内的多种运输方式，包括公路、铁路、航空等，并在促进云南省的经济发展和改革开放中发挥着重要作用