三沙市作为海南省的地级市，根据行政区划和管理需要，设立了以下主要行政和企事业单位：
政府机构
三沙市人民政府
三沙市人民代表大会及其常务委员会
三沙市中级人民法院
三沙市人民检察院
中国共产党三沙市委员会
各街道办事处和社区居委会
直属行政和企事业单位
三沙海事局
三沙市国家税务局
三沙市气象局
国家海洋局三沙海洋环境监测中心站
三沙市电信局
三沙供电局
三沙市船务管理局
三沙市经济发展局
三沙市财政局
三沙市公安局
三沙市综合执法局（三沙市海洋与渔业局）
三沙市国土资源与环境保护局
三沙市监察与审计局（与中共三沙市纪律检查委员会合署办公）
三沙市工商行政管理局
三沙市地方税务局
三沙市社会事业与后方基地管理局（三沙市民政局）
三沙市军地融合发展局（挂三沙市双拥工作领导小组办公室牌子）
三沙市应急执法局
三沙市旅游文化和交通运输局
三沙市生态局
三沙市社会工作局
三沙市消防支队
武警现役部队三沙市边防支队
武警现役部队三沙市消防支队
海军西沙水警区
海军南沙巡防区
台湾“海岸巡防署”南沙指挥部
以上单位和机构共同构成了三沙市的行政管理和执法体系，负责该市的日常政务、经济发展、社会管理、环境保护、公安安全、海洋渔业管理等方面的工作