当纳税人缴纳了超出应纳税额的税款时，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定，税务机关应当采取以下措施处理多缴税款：
立即退还：
税务机关在发现纳税人多缴税款后，应当立即退还给纳税人。
加算利息后退还：
如果纳税人在自结算缴纳税款之日起三年内发现多缴了税款，可以向税务机关提出退还多缴税款的要求，并且可以要求加算银行同期存款利息。税务机关在及时查实后，也应当立即退还。
抵缴欠税：
在纳税人既有应退税款又有欠缴税款的情况下，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款。抵扣后若有余额，则退还纳税人；若抵缴不足，税务机关将依法追征。
退税手续：
无论是税务机关发现的多缴税款还是纳税人自行发现的多缴税款，退税手续应当在发现之日起10日内办理。
超过3年的处理：
如果纳税人自结算缴纳税款之日起超过三年才发现多缴税款，根据规定，此时不能再要求退还税款，也不能加算利息。
以上处理方式均有明确的法律依据，纳税人应根据具体情况向税务机关提出退还多缴税款的申请，并按照税务机关的指示完成退税手续。需要注意的是，如果涉及从国库中退库，需依照相关法律、行政法规的规定进行