物流企业需要缴纳的税种主要包括：
增值税
税率根据服务类型和纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人）不同而有所区别。
陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务一般纳税人税率为9%，小规模纳税人税率为3%。
仓储、配送及货运代理等物流辅助服务一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。
企业所得税
对企业所得利润征收，基本税率为25%。
小型微利企业、国家重点扶持的高新技术企业等可能有不同的税率优惠。
个人所得税
对企业员工工资薪金等收入征收。
城市维护建设税
税率根据地区不同而有所区别，市区一般7%，县镇一般5%，其他地区一般1%。
教育费附加和地方教育附加
税率分别为3%和2%。
印花税
对合同、凭证等征收。
房产税和土地增值税
根据房产和土地情况征收。
车辆购置税
对购买车辆征收。
以上信息根据最新的税法规定和发布时间整理得出，具体税率和规定可能会有所变动，请以当地税务部门发布的最新信息为准。