王石离职万科的原因可以归纳为以下几点：
股权稀释：
王石在万科上市前为了获取更多资金，不断稀释自己的股权，导致手中股权减少，影响了控制权。
同股同权：
万科采用的是同股同权的股权架构，王石和其他投资人在决策权上没有优势，随着股权的减少，王石的决策影响力也逐渐减弱。
管理层矛盾：
2015年万科发生股权争夺战，宝能系成为万科第一大股东，与王石等管理层在战略上存在分歧，加剧了双方的矛盾。
个人选择：
王石在1988年就放弃了万科的股份，希望建立一支职业经理人队伍，这导致他难以真正掌控万科，也为他日后离开万科埋下伏笔。
战略考虑：
王石可能自愿退出万科，以便给公司年轻人更多机会，并寻求个人感兴趣的其他事情。
名誉主席：
2017年6月30日，王石辞任万科董事会主席，被任命为董事会名誉主席，这可以看作是他离职的一种形式。
以上几点是王石离职的主要原因。