通勤费用通常应计入管理费用科目。具体来说，如果通勤费用是用于员工上下班，并且是直接支付给员工的交通费用，那么可以列支在“管理费用——交通费”科目内。如果是用于员工出差，则应计入“管理费用——差旅费”科目。
会计处理示例如下：
对于员工上下班发生的市内交通费：
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借：管理费用——交通费
贷：银行存款/库存现金
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对于员工出差过程中发生的交通费：
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借：管理费用——差旅费
贷：银行存款/库存现金
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请注意，税务规定可能会有所不同，建议根据当地税务部门的规定进行核算，并确保有相应的票据支持费用的真实性。