甄嬛被皇帝发配到蓬莱洲的原因是多方面的，主要包括以下几点：
稳固朝政：
皇帝在处理年羹尧和敦亲王等权臣的问题时，需要稳固朝政，避免打草惊蛇。将甄嬛送到蓬莱洲是为了稳住华妃，同时让敦亲王一党放松警惕。
保护甄嬛：
皇帝除掉年羹尧的决策尚未有十足的把握，担心一旦发生变故，甄嬛作为皇帝宠妃，在漩涡中心会首先受到伤害。因此，将她送到远离权力中心的蓬莱洲，可以起到一定的保护作用。
利用甄嬛做人质：
皇帝可能出于策略考虑，将甄嬛作为人质，防止甄远道（甄嬛的父亲）临时倒戈或被策反。通过隐藏甄嬛，皇帝可以更加自由地处理前朝事务。
安抚华妃：
华妃与甄嬛向来关系紧张，皇帝可能担心华妃会因嫉妒而报复甄嬛，因此先发制人，将甄嬛送离华妃的视线，以安抚华妃的情绪。
个人情感：
甄嬛在宫中感到无聊，皇帝可能出于对她的宠爱，允许她到蓬莱洲“闭门思过”，同时也是为了给她一个远离宫廷纷争的安静环境。
政治棋子：
甄嬛在某种程度上被皇帝用作政治棋子，无论是作为安抚华妃的工具，还是作为对付权臣的筹码，她的命运都与皇帝的政治布局紧密相关。
需要注意的是，这些原因并非相互独立，而是相互交织，共同构成了甄嬛被发配蓬莱洲的复杂背景。