新疆海关的主要工作内容包括但不限于以下几点：
出入境检验检疫
负责出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程的执行。
实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作。
负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，动植物疫情监测、调查等工作。
进出口商品监督管理
负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理。
负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，进出口商品鉴定管理工作。
生产和加工单位监管
对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册。
实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
国际协议和协定实施
执行国家、国务院有关部门和国家质量监督检验检疫总局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等。
科技、标准化和信息化工作
负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，有关的国际合作与交流工作。
其他职责
包括但不限于人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设和思想政治工作。
新疆海关还支持新疆自贸试验区建设，推进相关改革措施，并协助海关总署研究制定支持措施。